养殖水体的污染物质种类很多，来源广泛，危害渔业的途径多，作用机制也很复杂。一般可归纳为以下几类：
1、有毒物质
此类物质主要包括氰化物、有机农药、酚、砷、汞及其化合物和重金属等。这些毒物含量很低就能把鱼毒死。
2、致病微生物
包括各种病毒、病菌、原生动物等。这些有害生物能使鱼类致病死亡。
3、耗氧废弃物
分有机物和无机物两种。前者主要是指能被生物分解的天然有机物；后者主要是指还原性物质，如亚硫酸盐、硫化物、亚铁盐和氨等。这些物质在水中氧化时，大量消耗水中的溶解氧，致使水体缺氧，恶化水质，造成鱼类严重浮头或死亡。
4、植物营养物
指植物生长所需要的营养成分，如氮、磷、钾、碳等化合物。这些生源物质流入水域后，可使水质从“贫营养盐”转变为“富营养盐”，其结果促使浮游藻类大量繁殖，水体透明度下降。如果过度富营养化，藻类繁殖数量过高，大批死亡时耗氧量过大，会使水体缺氧，水质恶化，引起鱼类死亡。这种生源物质的污染，只要加以控制和合理使用，对渔业生产是非常有益的。
5、油类物质
指煤油、汽油、柴油、润滑油等无机质油类。若水被油类污染，因油比水轻不溶于水，往往覆盖在水面上形成一层薄膜，阻挡大气中氧气的溶解，影响浮游生物光合作用效率，降低水域生产力和水产品质量。
6、有机化学物质
包括多氯联苯、合成洗涤剂等，是一些高稳定合成化学物质。易在水体中形成胶体系统，浓度高时恶化水质，对鱼的生存、生长均不利。
7、无机化合物和矿物质
包括水溶性的氯化物、盐类和各种酸性、碱性物质。如果这些物质浓度高时，就会毒害鱼类及不利于水生生物的生长。
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