与哺乳期母猪日均采食量相关的SNP分子标记及应用 专利技术说明

有机化合物处理,合成应用技术与哺乳期母猪日均采食量相关的snp分子标记及应用技术领域1.本发明涉及分子生物学及遗传育种领域，特别涉及一种与哺乳期母猪日均采食量相关的snp分子标记及应用。背景技术：2.随着猪场针对高繁殖力母猪的选育，逐步提高了母猪繁殖性能，而高强度的选育带来高繁殖性能母猪低背膘厚度、分娩时体脂储备较低、食欲差和采食量低等问题。在哺乳期的母猪为维持自身能量需求与仔猪生长发育，对能量的需求和采食量会高于其他阶段，所以哺乳期采食量是母猪泌乳量的影响因素之一。研究表明，高泌乳量的母猪具有高采食量的特点,母猪摄入的营养将用于增加产奶量、提高仔猪的窝均增重、减少母猪体况的损失和缩短断配间隔。若采食量较低，母猪将持续消耗自身的储备能量以维持泌乳量，特别是从脂肪组织与骨骼肌中调动能量。储备能量被过度消耗会导致母猪体重、背膘、黄体生成素和脉搏频率降低、母猪断奶至发情间隔延长、排卵数减少、胚胎存活率降低、影响后续的繁殖性能、缩短母猪的使用年限和导致母猪淘汰率过高，从而影响猪场经济效益。3.挖掘与哺乳期母猪日均采食量的相关snp位点对生猪遗传育种改良有着重要的意义，是现阶段种猪育种工作者的研究热点。哺乳期母猪日均采食量属于中等遗传力性状(0.19-0.32)，但在饲养过程中哺乳期采食量数据难以收集，随着智能饲喂系统的推出，以及芯片数据的商业化使得利用基因组手段选育种猪的成本大大降低，全基因组关联分析成为筛选目标性状snp位点的重要手段。因此，挖掘新的分子遗传标记对提高哺乳期母猪日均采食量具有重要的意义。技术实现要素：4.本发明的目的是提供一种与哺乳期母猪日均采食量相关的snp分子标记及应用，以解决上述问题。5.根据本发明的一个方面，提供了一种与哺乳期母猪日均采食量相关的snp分子标记，该snp分子标记位于国际猪基因组sscrofa11.1版本第1号染色体第243590207bp位置的a》t碱基突变(下文中，也用“rs330479856分子标记”表述该分子标记)。6.由此，通过对该分子标记进行应用，可以大大提高母猪哺乳期日均采食量,从而增加产奶量、提高仔猪的窝均增重、减少母猪体况的损失、缩短断配间隔，通过持续选育，提高母猪繁殖性能，加快种猪的遗传改良进展和育种进程。7.在某些实施方式中，该snp分子标记位点上下游基因序列如seq no.1所示，所述snp分子标记位于seq id no:1所示序列的第101位点处m表示的a》t碱基突变(下文中，也用“rs330479856分子标记”表述该分子标记)。8.根据本发明的第二个方面，提供了一种snp分子标记(rs330479856分子标记)在哺乳期母猪日均采食量性状选育上的应用，该snp分子标记位于国际猪基因组sscrofa11.1版本第1号染色体第243590207bp位置的a》t碱基突变或该snp分子标记位点上下游基因序列如seq no.1所示，该snp分子标记位于seq id no:1所示序列的第101位点处m表示的a》t碱基突变。由此，通过将该分子标记应用于哺乳期母猪日均采食量性状选育，经过选育的母猪可以大大提高哺乳期日均采食量，进而提高母猪哺乳期的采食量，母猪摄入的营养将用于增加产奶量、提高仔猪的窝均增重、减少母猪体况的损失和缩短断配间隔，提高母猪的繁殖性能，加快种猪的遗传改良进展和育种进程。9.在某些实施方式中，该应用包括如下步骤：10.1)对后备种母猪检测如下snp分子标记(rs330479856分子标记)：该snp分子标记位于国际猪基因组sscrofa11.1版本第1号染色体第243590207bp位置的a》t碱基突变或该snp分子标记位点上下游基因序列如seq no.1所示，该snp分子标记位于seq id no:1所示序列的第101位点处m表示的a》t碱基突变；11.2)选留步骤1)中检测得到的等位基因型为aa基因型的个体，作为留种母猪，淘汰ta或tt基因型种猪个体，可选育出哺乳期母猪日均采食量高的性状的猪作为留种母猪，以实现对种母猪在哺乳期日均采食量性状上的选育。12.根据本发明的第三个方面，提供了一种snp分子标记(rs330479856分子标记)在培育高哺乳期日均采食量性状母猪品系上的应用，该snp分子标记位于国际猪基因组sscrofa11.1版本第1号染色体第243590207bp位置的a》t碱基突变或该snp分子标记位点上下游基因序列如seq no.1所示，该snp分子标记位于seq id no:1所示序列的第101位点处m表示的a》t碱基突变。由此，通过将上述分子标记应用在培育高哺乳期日均采食量性状母猪品系上。可以获得在哺乳期具有高采食量的母猪品系，进而提高该品系母猪的泌乳量等，来提高该品系母猪的繁殖性能，加快种猪的遗传改良进展和育种进程。13.在某些实施方式中，该应用包括如下步骤：14.1)对后备种猪检测如下snp分子标记(rs330479856分子标记)：该snp分子标记位于国际猪基因组sscrofa11.1版本第1号染色体第243590207bp位置的a》t碱基突变或该snp分子标记位点上下游基因序列如seq no.1所示，该snp分子标记位于seq id no:1所示序列的第101位点处m表示的a》t碱基突变；15.2)选留步骤1)中检测得到的等位基因型为aa基因型的个体，作为留种猪，并对该留种公、母猪进行配种；16.3)对步骤2)中配种出生的猪检测如步骤1)中的snp分子标记，保留aa基因型个体，淘汰ta或tt基因型个体，进行繁育，即可培育出高哺乳期日均采食量性状的高繁殖性能母猪品系。17.根据本发明的第四个方面，提供了一种猪的遗传改良的方法，其中，所述方法包括如下步骤：18.1)检测后备种猪中如下snp分子标记(rs330479856分子标记)：该snp分子标记位于国际猪基因组sscrofa11.1版本第1号染色体第243590207bp位置的a》t碱基突变或该snp分子标记位点上下游基因序列如seq no.1所示，该snp分子标记位于seq id no:1所示序列的第101位点处m表示的a》t碱基突变；19.2)选留步骤1)中分子标记基因型为aa的种猪个体，淘汰ta或tt基因型个体；20.3)以步骤2)中筛选出的个体作为种猪，进行繁育，在后代中继续选留步骤1)中分子标记基因型为aa的种猪个体，淘汰ta或tt基因型个体；以逐代提高后代猪群体中等位基因a的频率，从而提高后代种母猪的哺乳期日均采食量。21.由此，通过将上述分子标记应用于猪的遗传改良上，可以大大缩短遗传育种年限，提高母猪哺乳期日均采食量。22.根据本发明的第五个方面，提供了一种snp分子标记(rs330479856分子标记)在筛选高哺乳期日均采食量遗传性状的仔母猪上的应用。由此，通过将该分子标记应用在在筛选高哺乳期日均采食量遗传性状的仔母猪上。由此，可以在仔猪阶段就筛选出具有高哺乳期日均采食量的母猪，并对其进行选留，由此在仔猪阶段就对母猪的“哺乳期日均采食量”性状进行了选育，可以大大提高育种效率，节约饲养成本。23.在某些实施方式中，该应用包括如下步骤：24.1)检测待筛选仔母猪中如下snp分子标记(rs330479856分子标记)：该snp分子标记位于国际猪基因组sscrofa11.1版本第1号染色体第243590207bp位置的a》t碱基突变或该snp分子标记位点上下游基因序列如seq no.1所示，该snp分子标记位于seq id no:1所示序列的第101位点处m表示的a》t碱基突变；25.2)步骤1)中检测出的分子标记的基因型为aa时，该待筛选仔猪具有高哺乳期日均采食量遗传性状，予以保留；基因型为ta或tt时，该待筛选仔猪具有低哺乳期日均采食量遗传性状，予以淘汰。26.本发明的有益效果：27.1、本发明筛选鉴定了一种与影响哺乳期母猪日均采食量相关的分子标记rs330479856，该标记不同基因型母猪的哺乳期日均采食量有极显著差异；rs330479856分子标记基因型aa与tt哺乳期母猪日均采食量相差531g/d，a等位基因显著提高哺乳期日均采食量，aa基因型为优势基因型。由此，通过对该分子标记进行应用，就可以大大提高母猪哺乳期日均采食量，提高母猪哺乳期的采食量,母猪摄入的营养将用于增加产奶量、提高仔猪的窝均增重、减少母猪体况的损失和缩短断配间隔，提高母猪的繁殖性能，加快种猪的遗传改良进展和育种进程。28.2、通过检测rs330479856分子标记基因型辅助种猪选育，可通过选留aa大白纯种母猪，能有效提高哺乳期母猪日均采食量，便于后续种猪的综合育种。29.3、通过将rs330479856分子标记应用于哺乳期母猪日均采食量性状选育，经过选育的母猪可以大大提高哺乳期日均采食量，进而提高母猪哺乳期的采食量,母猪摄入的营养将用于增加产奶量、提高仔猪的窝均增重、减少母猪体况的损失和缩短断配间隔，提高母猪的繁殖性能。30.4、通过将rs330479856分子标记应用在培育高哺乳期日均采食量性状母猪品系上。可以获得在哺乳期具有高采食量的母猪品系，进而提高该品系母猪的泌乳量、仔猪窝均增重等，来提高该品系母猪的繁殖性能，加快种猪的遗传改良进展和育种进程。31.5、通过将rs330479856分子标记应用于猪的遗传改良上，可以大大缩短遗传育种年限，提高母猪哺乳期日均采食量，加快种猪的遗传改良进展和育种进程。32.6、通过将rs330479856分子标记应用在在筛选高哺乳期日均采食量遗传性状的仔母猪上。由此，可以在仔猪阶段就筛选出具有高哺乳期日均采食量的母猪，并对其进行选留，由此在仔猪阶段就对母猪的“哺乳期日均采食量”性状进行了选育，可以大大提高育种效率，节约饲养成本。附图说明33.图1为哺乳期母猪日均采食量性状全基因组snp效应分布的曼哈顿图：其中，图中箭头表示rs330479856分子标记所在基因组位置。具体实施方式34.下面结合附图对本发明作进一步详细的说明。35.实施例1、分子标记的获得的流程步骤36.(1)、采集纯种大白母猪的耳组织样品或者血样，提取总dna，并对dna进行质量检测。采用ggp 50k snp(gene seek，us)芯片与猪80k功能位点基因芯片(影子基因，chn)对合格dna样品进行基因分型。37.(2)、根据最新版的猪参考基因组(sscrofa11.1)，采用ncbi基因组比对程序(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)对所有snp标记的物理位置进行更新。基因组位置未知及性染色体上的snp不用于关联分析。38.(3)对于所有常染色体上的snp标记，先利用beagle软件(version 4.1)将50k填充至80k，后利用plink软件合并数据集，再进行质量控制，标准为：个体检出率≥90％；snp检出率≥90％；小等位基因频率≥0.01；哈迪-温伯格平衡p值≥10-6；对于缺失位点的基因型，采用beagle软件(version4.1)进行填充。填充完后再次质控，质控条件与前面相同。质控后，最终有483头大白纯种母猪以及75383个snp位点用于后续全基因组关联分析。39.实施例2、分子标记验证的流程步骤40.(1)、本研究群体为483头纯种母猪，全部来自广西扬翔农牧有限责任公司旗下核心种猪场。41.(2)、在r统计环境下使用tlm函数拟合哺乳期母猪日均采食量的最佳模型，后采用基于系谱数据的最佳线性无偏估计(pedigree-basedbest liner unbiasedprediction,pblup)方法，利用hiblup软件计算猪只个体育种值，该研究模型如下：42.y＝xb+zu+e43.其中，y为观察值向量，b为固定效应向量包括：30日孕背膘、108日孕背膘、胎次、分娩月份、总产仔数和治疗天数，协变量为平均带仔数和仔猪出生窝重，u为动物个体遗传效应向量，e为残差向量，x、z为结构矩阵。44.(3)、利用多标记关联模型的方法，在r统计环境下rmvp软件包的farmcpu模型进行gwas分析，该研究模型如下：45.yn＝tniwi+pnjqj+en46.其中，yn表示第n个个体育种值，tni为固定效应，包括i个pseudo qtns的基因型以及控制群体遗传背景的前五大主成分；wi表示对应的效应；pnj表示第n个体的第j个标记；qj表示第j个标记对应的效应；en表示残差向量，服从正态分布，表示残差方差。47.实施例3、rs330479856分子标记的不同基因型对哺乳期母猪日均采食量的影响48.对于所有标记的效应值画曼哈顿图，并展示和筛选p《6.63×10-7的snp标记(如图1所示)，最终筛选出rs330479856分子标记(位于国际猪基因组sscrofa11.1版本第1号染色体第243590207bp位置的a》t碱基突变)。并采用方差分析和多重比较(r统计分析平台)，分析rs330479856分子标记对应不同基因型群体哺乳期母猪日均采食量差异情况(如表1)。49.表1 rs330479856标记的不同基因型母猪哺乳期日采食量[0050][0051]标注说明:p《0.05为差异显著；p《0.01为差异极显著[0052]如表1所述，该rs330479856分子标记不同基因型母猪的哺乳期日均采食量有极显著差异，其基因型aa与tt哺乳期母猪日均采食量相差531g/d，a等位基因可显著提高哺乳期日均采食量，aa基因型为优势基因型；也说明该rs330479856分子标记与影响哺乳期母猪日均采食量性状显著相关。[0053]通过比对，该rs330479856分子标记位于猪1号染色体243590207bp位置，该位置为一个a》t突变(sscrofa11.1)，该snp分子标记上下游基因序列如seq id no:1所示：[0054][0055][0056]注：序列表中标注的m为突变位点，m位点为a》t突变，用标有加粗字体显示。[0057]实施例3 rs330479856分子标记在哺乳期母猪日均采食量性状选育上的应用[0058]对后备种母猪检测rs330479856分子标记；选留检测得到的等位基因型为aa基因型的个体，作为留种母猪，淘汰ta或tt基因型种猪个体，可选育出哺乳期母猪日均采食量高的性状的猪作为留种母猪，以实现对种母猪在哺乳期日均采食量性状上的选育。[0059]实施例4 rs330479856分子标记在培育高哺乳期日均采食量性状母猪品系上的应用[0060]对后备种猪检测rs330479856分子标记；选留检测得到的等位基因型为aa基因型的个体，作为留种猪，并对该留种公、母猪进行配种；对配种出生的猪检测rs330479856分子标记，保留aa基因型个体，淘汰ta或tt基因型个体，进行繁育，即可培育出高哺乳期日均采食量性状的高繁殖性能母猪品系。[0061]实施例5一种猪的遗传改良的方法[0062]检测后备种猪中rs330479856分子标记；选留基因型为aa的种猪个体，淘汰ta或tt基因型个体；以筛选出的个体作为种猪，进行繁育，在后代中继续选留rs330479856分子标记基因型为aa的种猪个体，淘汰ta或tt基因型个体；以逐代提高后代猪群体中等位基因a的频率，从而提高后代种母猪的哺乳期日均采食量。[0063]实施例6 rs330479856分子标记在筛选高哺乳期日均采食量遗传性状的仔母猪上的应用[0064]检测待筛选仔母猪中rs330479856分子标记；检测出的分子标记的基因型为aa时，该待筛选仔猪具有高哺乳期日均采食量遗传性状，予以保留；基因型为ta或tt时，该待筛选仔猪具有低哺乳期日均采食量遗传性状，予以淘汰。[0065]以上所述的仅是本发明的一些实施方式。对于本领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明创造构思的前提下，还可以做出若干变形和改进，这些都属于发明的保护范围。









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