随着养殖密度的增加和养殖环境的恶化，草鱼养殖病害由传统的“老三病”(赤皮、烂鳃、肠炎等)发展为草鱼“新三病”即细菌性并发症(赤皮、烂鳃、肠炎并发症)、病毒性出血病、肝胆综合症等。草鱼“新三病”给养殖生产带来更大危害，发病后造成草鱼大量死亡。
细菌性并发症(赤皮、烂鳃、肠炎并发症)
【病因症状】该病的致病菌是由多种细菌引起的，包括肠型点状气单胞菌、鱼害粘球菌、荧光假单胞菌等，患此病的鱼，发病症状兼具赤皮、烂鳃和肠炎三种症状：
病鱼体色发黑，头部发黑，离群独游；反应迟钝，腹部膨大，两侧常有红斑，明显“蛀鳍”，肛门红肿突出，成紫红色，轻压腹部，有黄色黏液和血脓流出。剖开腹部，可见腹腔积液，肠壁充血发炎，后肠尤甚，肠黏膜细胞往往溃烂脱落，并与血液混合而成血污，充塞于肠管中；肝脏亦常有红色斑点淤血；病鱼鳃丝点状充血，末端腐烂，软骨外露，致使边缘发白，鳃丝上带有黏液和淤泥，严重时鳃盖骨表皮充血，发炎，腐烂，中间部分往往被腐灼成一圆形透明小窗，俗称“开天窗”；体表局部发炎，鳞片松动脱落，以腹部两侧为明显，鳍基充血，末端腐烂，鳞片脱落或鳍条腐烂处常有水霉寄生。此病一年中均有可能发生，特别是在5～9月份最甚。
【防治方法】彻底清塘消毒，实行“四消”、“四定”，不要直接施用未经发酵的动物粪便，不要投喂腐败变质的饲料，鱼种放养前用3%的食盐水浸泡消毒。
【治疗方法】用0.2ppm二氧化氯或0.3ppm溴氯海因或0.4ppm强氯精等消毒药定期全池泼洒；每40公斤饲料用大蒜素100g，拌饲连续投喂7天；每40公斤饲料用恩诺沙星100g，拌饲连续投喂3～5天，第一天用量加倍。
肝胆综合症
【病因症状】草鱼肝胆综合症是草鱼养殖中常见的一种疾病，发病初期，池中病鱼漂游池边，反应迟钝，食量减少，目测体表无明显症状，仅有少部分鱼的眼球及眼眶发红，鳃丝肿胀，镜检无寄生虫；解剖发现，肠道无食，肝脏肿胀，呈白色、绿色或黄色，这均是肝胆综合症的症状，严重的肝脏呈糜散状与肠黏膜及脂肪粘连在一起，充塞于胸腔，胆囊有时肿大变黑，有时胆囊变无，腹水严重。发病一段时间后，死鱼数量激增；该病发生原因较复杂，投喂变质饲料，饲料中脂肪含量超标或长期投喂含喹乙醇饲料，养鱼水体受铜、氨等物质污染都会引发肝病。
【防治方法】注意合理的放养密度，不投喂腐败变质的饲料，不要直接施用未经发酵的动物粪便，经常注入新水或使用生物制剂，改善水质，经常清除饲料残渣及建立鱼饲料的检验制度，保持饲料新鲜，防止饲料中蛋白质及脂肪氧化。
【治疗方法】用0.2ppm二氧化氯或0.3ppm溴氯海因或0.4ppm强氯精等消毒药定期全池泼洒；用肝胆宁100g＋大蒜素100g拌饲40kg制成药饵，连喂5～7天。
病毒性出血病
【病因症状】患病早期，从外观观察，病鱼的口腔、腹部、鳃盖、眼眶、鳍条及鱼体两侧呈轻度充血症状。剖开腹腔，肠道内尚见少量食物。随着病情的发展，上述体表充血现象加剧，骨肉呈现出血症状，眼眶周围充血，眼球突出腹部膨大、红肿。剖开腹腔，由于内脏器官受到损害，导致腹腔内积有黄色或红色腹水，肝、脾、肾肿大，肠壁充血、充气且无食物。鳃灰白显示贫血，有时呈紫色且肿胀，严重时鳃丝末端腐烂。
【流行病学】3～4月份，病鱼出现的体表发炎充血症状是：头部、嘴、鳃盖、眼眶以及体表两侧、腹鳍下和尾柄等处为甚，有的病鱼可见突眼，鳃贫血，内脏器官伴有不同程度的发炎，有时也可见到肠道内充气膨胀。5月后的病鱼症状是体表多以鳃盖下缘、鳍基和内脏充血发炎，有时口腔骨肉也同时充血发炎。该病在草鱼养殖中广泛流行，水温在 9～36℃之间均有可能发生，尤以28℃时发病最为严重，往往造成极大的经济损失，因此，这是流行地区最广、季节最长、危害最大的一种流行病。
【防治方法】彻底清塘消毒，实行“四消”、“四定”，经常注入新水或使用生物制剂，改善水质。
治疗方法：用0.2ppm二氧化氯或0.3ppm溴氯海因或0.4ppm强氯精等消毒药定期全池泼洒；内服10%恩诺沙星100g＋三黄散200g拌饲40kg，连喂5～7天。
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