发酵床养殖是一种重要的生态养殖模式，近年来得到了大力推广，但在推广中也发现了不少问题，制约了该模式的推广应用。
一 垫料来源与垫料出路的问题
首先是垫料的来源。垫料和菌种花费是造成发酵床养殖成本高的主要原因。目前，在肉鸡发酵床养殖中，一平方垫料的成本(包括添加的菌种)大约在35~40元，以一批垫料使用15批次、每平米载鸡10只算，每只鸡的成本约是0.23~0.26元。目前，发酵床养殖所占比例还非常低，大概只占到养殖量的1%~2%，垫料原料需求量还较少，其价格相对保持在较低水平，但是一旦规模扩大，如达到10%~20%，垫料原料需求量加大，其价格必然要大幅上涨，增加垫料成本。因此，应该探索多样化的垫料配方组成，广辟垫料来源，缓冲因大量需求带来的价格上涨问题，不同地方可以根据当地资源和气候条件等实际情况选择适合自己的垫料组分。
其次，垫料(淘汰垫料)出路的问题。淘汰垫料得不到妥善处理，仍会带来一定的污染。比如沂南的发酵床养殖，就部分因垫料不能得到妥善处理而被迫整顿以致禁养。但处理妥当，会增加收益。目前淘汰垫料有三种去向，一是厂家回收(制作有机肥或者做蘑菇基料)，二是加工成有机肥出售或者直接出售给周边种植业者使用，三是养殖园区内种养结合，内部消化。现在很多养殖场户面临垫料处理难的问题，或者垫料回收的价格较低，影响了养殖户的收益，因为垫料需要2~3年才淘汰、出售一次，相比一般平养每批鸡出售后鸡粪即可变现，其周转周期更长。垫料用于加工成有机肥还田是最好的途径。垫料制作成有机肥又涉及到有机肥的开发利用问题，目前有机肥的市场还远远没有打开，主要使用于蔬菜、园林花卉等利润较高的种植业，广大的粮食作物种植业由于利润较低加之有机肥运输使用不便等原因并没有真正使用有机肥。如果通过品牌塑造和营销策略，让使用有机肥种植的粮食作物价格提高2~3倍，使用有机肥的比例会大幅提高；我国18亿亩耕地，如果能有1/3以上施用有机肥，用有机肥替代化肥改善土壤质量，那么消纳畜禽废弃物的能力是惊人的，那时畜禽废弃物将成为真正的资源。
二 发展环境与技术推广的问题
当前的环境不利于发酵床优势的充分发挥。发酵床养殖的最大优势是解决环保问题，但在目前的生产环境和政策环境下，并不能体现出经济优势，即创造的生态环保优势并不能直接表现在经济效益的增加上，实际上由发酵床使用者个人为全社会生态效益、社会效益买单，而这应该由全社会共同买单，这对于采用发酵床养殖者来说是不公平的。政府和社会应该通过一定的 政策，正向引导或者负向纠偏的方式，创设友好的环境，实现公平性。可以通过提高生态养殖畜产品的价格或给生态养殖者以一定的补贴、补助的方式，亦或对排污加以严格限制，废弃物排放不达标处以较重的罚款或者强制缴纳排污费，甚至禁止养殖。假如一个养殖户，不用发酵床养殖模式能达到10 000元的预期纯利润，使用发酵床后会增加500元成本，结果只获利9 500元，他采用发酵床养殖的积极性很小，但是，如果政府加大环境执法、处罚力度，由于没有采用发酵床等生态环保养殖模式，环评不达标被处以3000元罚款或缴纳3 000元的排污费，实际上只能获纯利7 000元。当外部环境达到这样一种状态，发酵床养殖等生态养殖模式必将到进一步的重视和大力推广。
从技术上讲发酵床养殖技术本身在不断的变化和发展，需要不断的探索、完善。使用者不能掌握其技术和管理要点，会直接影响其使用效果。生产实践中造成发酵床养殖效果不好的一个重要原因，就是管理不到位。因此，大力推广普及发酵床养殖的关键技术，完善其技术应用规程，使应用者掌握管理应用要点，培养一大批能指导发酵床养殖的技术服务团队，完善该模式推广应用的支撑体系，是一项紧迫的工作。应充分发挥各级国家畜牧业技术推广机构的作用，同时引导合作社、行业协会、专门的服务企业、科研结构等投入到技术推广服务中来，即引导更多社会力量参与到发酵床养殖的技术推广、服务中来，为应用者提供全面、具体、到位的服务。单纯各级国家畜牧业技术推广机构，力量薄弱，难以满足产业需求。
三 产品销售与市场定位的问题
造成发酵床养殖模式推广有阻力的另一个因素就是优质产品不能实现优价，质价不对等，发酵床等生态养殖模式生产的产品质量相对较好，且更好的兼顾了动物福利，但产品价格优势没有得到充分体现，这对于采用发酵床养殖者来说也是不公正的。有人曾说，造成中国产品质量安全问题的一个关键问题是优质不能实现优价。企业具有逐利性，为追求利润，自然会降低成本，自然会影响到产品质量，比如生产中偷工减料、使用低价劣质的原料、减少生产程序以及销售过程中掺假使假、以劣充好等会直接影响到产品质量。因此，如何推介生态优质畜产品，让广大消费者积极、主动接受优质畜产品并在价格上体现出优势，是一项重要的工作。
在国外很多国家，畜产品售价与生产模式是直接挂钩的，很多产品在出售时有特定的标识代表该产品的生产模式。采用生态养殖模式生产出的产品同时是兼顾了动物福利的产品(产品定性)，质量也更优，市场定价就高(市场定位)，而消费者也认同、接受这一点。他们认为每个人在消费、使用该类产品时，实际上在为保护生态环境和人居环境、为动物福利事业做了一份贡献并享受到了更优质、安全的产品，个人生命健康也更有保障，作为消费者理应为此买单。消费是产业发展的动力，消费取决于消费能力和消费价值取向，消费能力是基础，而价值取向影响消费的选择性，当我们国家民众的思想觉悟也普遍提高到“为保护生态环境和人居环境买单、为动物福利买单、为享用了更优质的产品和个人生命健康更有保障而买单”的境界，且具备较强消费能力的时候，生态畜产品消费会得到较大提高，进而带动生态养殖模式和生态畜牧业的发展。当前，引导消费者的消费价值取向、同时培养和提高消费能力，也是一项较为迫切的工作。
发酵床养殖作为一种生态环保养殖模式，它伴随着社会宏观环境的发展变化而发展，受社会发展进程的影响和制约较大。要解决这三个问题决不能一蹴而就，“发展中的问题要在发展中解决”，作为畜牧工作者应该在现有的条件和基础上，不断发展完善该技术和技术操作规范，并不断创造利于该模式推广、应用的环境，为推动生态畜牧业加快发展做出更大贡献。
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